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DNA親子鑒定可以在胎兒誕生以前進行。在懷孕一段時間以后，受精卵就發育為具有DNA信息的胚胎組織。并且，胚胎組織會與浸泡其中的羊水進行一定的物質交換。所以，羊水中含有大量胚胎組織的脫落細胞，這些細胞中含有胎兒的DNA信息，因此，孕婦產前親子鑒定可采用羊水穿刺的方法采集羊水提取胎兒DNA與待定父親的DNA比對達到親子鑒定的目的，而且這種鑒定方式的檢測結果與胎兒出生后的鑒定結果完全一致。根據懷孕的階段，胎兒的DNA樣本可以通過羊膜穿刺手術獲得。

下列表現了這種方式的操作過程、樣本類型和取樣時機。步驟：取樣時間：懷孕16-24周之內;樣本類型：來自羊水的胎兒的脫落細胞;取樣程序：通過體檢確定取樣時間→ 婦產科醫生通過B超，用中空的針取得羊水等。產前親子鑒定需要提供的樣本為：胎兒樣本(羊水)、母親DNA樣本、假定父親DNA樣本基因格在此特意提醒用戶羊水穿刺檢查對胎兒具有一定的危險。進行這種檢查一定要征的孕婦的同意和參與，并且要在正規醫院的婦科專家的指導下進行，好是在進行其它婦科羊水檢查時附帶進行。